التفاعل القوي أو القوة القوية النووية، هو تفاعل أساسي يحصر الكواركات في البروتون والنيوترون وجسيمات الهادرونات الأخرى، ويربط التفاعل القوي أيضًا بين النيوترونات والبروتونات لتكوين نوى ذرية، حيث يطلق عليها القوة النووية.
الاستخدام الرئيسي للميكانيكا الجزيئية في مجال الديناميات الجزيئية، حيث يستخدم هذا مجال القوة لحساب القوى المؤثرة على كل جسيم ومتكامل مناسب لنمذجة ديناميكيات الجسيمات والتنبؤ بالمسارات.
تستخدم الميكانيكا الجزيئية الميكانيكا الكلاسيكية لنمذجة الأنظمة الجزيئية، إذ يُفترض أن تقريب بورن أوبنهايمر صحيح ويتم حساب الطاقة الكامنة لجميع الأنظمة كدالة للإحداثيات النووية باستخدام حقول القوة.
