اتفاقيّة نيفاشا كان الغرض منها إنهاء الحرب الأهليّة السودانيّة الثانيّة، بالإضافة إلى تطوير نظام حوكمة ديمقراطيّ في جميع أنحاء البلاد وتقاسم عائدات النفط. بالإضافة لذلك فقد وضعت جدول زمني سوف يجري حسبه، في جنوب السودان استفتاء على الاستقلال أو البقاء ضمن السودان.
اتفاقية نيفاشا:
في 25 سبتمبر من عام 2003، وقّع وفد الحكومة السودانيّة برئاسة علي عثمان محمد طه النائب الأول للرئيس عمر حسن البشير، أيضاً وفد الحركة الشعبيّة لتحرير السودان برئاسة جون قرنق، بمنتجع نيفاشا الكيني، اتفاق بشأن الترتيبات العسكريّة خلال المرحلة الانتقاليّة.
محتوى اتفاقية نيفاشا:
وضع القوات المسلّحة للطرفين:
- لن يكون للقوّات المسلّحة الوطنيّة قانون داخليّ أو تفويض بالأمر، إلّا في الحالات الطارئة التي يحددها الدستور.
- يتفق الأطراف على مبادئ التّخفيض المناسب، للقوات من الطرفين خلال مدّة مناسبة، ذلك بعد اكتمال التّرتيبات لوقف إطلاق النار الشّامل.
- كجزء من اتفاقيّة السّلام وبغرض إيقاف الحرب، هنا يتفق الأطراف على أن القوتين المسلّحتين (القوات المسلحة السودانيّة والجيش الشعبيّ لتحرير السودان)، سوف يظلان منفصلين خلال الفترة الانتقاليّة، كما أنه يقرّ الأطراف بأن كلتا القوتين سوف تُعتبران وتعاملان سواسية، بوصفهما القوات المسلّحة الوطنيّة السودانيّة خلال الفترة الانتقاليّة.
وقف إطلاق النار:
يتفق الطرفان أن يسري وقف إطلاق النار، تحت رقابة دوليّة مُنذ تاريخ التّوقيع على اتفاقيّة السّلام الشامل. وسَوف يقوم الطرفان بالتّوصل إلى تفاصيل وقف إطلاق النار، بمساعدة وسطاء المنظمة والخبراء الدوليين.
إعادة انتشار القوات:
- سوف يتم فضّ اشتباك وفصل وتحديد معسكرات، أيضاً إعادة انتشار القوتين وفقاً لما سيتم تفصيله في الاتفاقيّة.
- في ما عدا القوات التي سوف يتمّ نشرها للوحدات المشتركة، فإن بقية القوات المسلّحة السودانيّة المنتشرة حالياً في جنوب السودان، سوف يعاد انتشارها لشمال الحدود بين الجنوب والشّمال، ذلك تحت رقابة دوليّة خلال مدّة سنتين ونصف من تاريخ بدء الفترة قبل الانتقاليّة.
- تتعهد الحركة الشعبيّة الجيش الشعبيّ لتحرير السودان، بأنّها سوف تقوم باستيعاب السودانيين ذوي الأصول، من جنوب السودان والعاملين حالياً في القوات المسلحة السودانيّة بجنوب السودان، الذين سوف يتمّ تسريحهم وذلك في المؤسسات المختلفة لحكومة جنوب السودان، مع المسرحين من جنود الجيش الشعبيّ لتحرير السودان.
- يتعهد الطرفان بأنهما سوف يقومان وبمساعدة المجتمع الدوليّ، بتنفيذ برامج (DDR) تسريح ونزع سلاح وإعادة الدّمج لجميع الأفراد، الذين سيتأثرون بتخفيض وتسريح و تقليل حجم القوات.
الوحدات المشتركة:
سوف يتمّ إنشاء وحدات مدمجة تتكون من أعداد متساويّة، من القوّات المسلّحة السودانيّة والجيش الشعبيّ لتحرير السودان خلال الفترة الانتقاليّة. حيث ستشكّل هذه الوحدات نواة جيش السودان، بعد إجراء الاستفتاء إذا جاءت نتيجته مؤكدة للوحدة، وإلا سوف يتمّ حلّها وإعادة دمج الوحدات المكوّنة في قواتها التي تتبع لها.
القيادة والتّحكم للقوتين المسلحتين:
- لقد اتفق الطرفان على إنشاء مجلس دفاع مشترك، يتبع لرئاسة الجمهوريّة ويتكوّن من رؤساء الأركان في القوتين والنواب، أيضاً أيّ عدد من كبار الضباط يتفق عليه الطرفان، حيث سيقوم باتخاذ قراراته بالاجماع كما أنّه سيرأس المجلس رئيس أركان القوتين بالتبادل.
- مهام مجلس الدفاع المشترك، سوف يقوم مجلس الدفاع المشترك على تنفيذ مهام التنسيق بين القوتين أيضاً قيادة الوحدات المشتركة.
العقيدة العسكريّة المشتركة:
سوف يقوم الطرفان بتطوير عقيدة عسكريّة مشتركة، حتّى تقوم على تشكيل أساساً للوحدات المشتركة المدمجة، كذلك أساساً لبناء جيش السودان بعد الفترة الانتقاليّة، إذا جاءت نتيجة التّصويت في الاستفتاء لمصلحة الوحدة.
حيث سوف يقوم الطرفان بتطوير هذه العقيدة المشتركة خلال عام واحد من بدء الفترة الانتقاليّة. خلال هذه الفترة الانتقاليّة، سوف يتمّ تدريب الجيش الشعبيّ لتحرير السودان في منطقة الجنوب، والقوات المسلّحة السودانيّة في منطقة الشمال، أمّا الوحدات المشتركة في كل من الجنوب والشمال، على أساس هذه العقيدة العسكريّة المشتركة.
أجهزة الأمن الوطني:
سوف تتمّ معالجة الهياكل والتّرتيبات، التي سوف تؤثّر على كل أجهزة إنفاذ القانون، خصوصاً الشرطة وأجهزة الأمن الوطنيّ كجزء من ترتيبات اقتسام السلطة، حيث سوف ترتبط بالمستوى التنفيذيّ المناسب كلّما كان ذلك ضروري.
وضع المجموعات المسلّحة الأخرى في البلاد:
- لقد اتفق الطرفان على معالجة وضع المجموعات المسلّحة الأخرى، الموجودة في البلاد بما يحقق السّلام الشامل والاستقرار في البلاد، أيضاً لتحقيق الشمول لكلّ الأطراف خلال العمليّة الانتقاليّة.
- يسمح بالعمل خارج القوتين المسلّحتين، لأيّ مجموعة مسلّحة متحالفة مع أيّ من الطرفين.