كان المسقط الأفقي للجامع وقت إنشائه مكوّن من ثلاث إيوانات حول الصحن الشرقي، منها مكون من خمسة أروقة، المشرف منها على الصحن قائم على أكتاف بينما الأروقة الأخرى من عمد رخامية، وبكل من الجانبين القبلي والبحري ثلاث أروقة مشرفة على الصحن، أما الجدار الغربي فلا أروقة به ويتوسطه الباب العمومي، وكانت تعلوه المنارة، ولعله كان بارزاً عن الواجهة كي تحمل فوقه المنارة.
خصائص جامع الأزهر:
قد فتحت بأعلى الحوائط شبابيك من الجبص مفرغة بأشكال هندسة بديعة يتخللها مقرنصات مزخرفة عقودها مستديرة، أحيطت بأفريز مكتوب بالخط الكوفي ما زالت موجودة حتى الآن، وممّا يذكر أن الخط الكوفي كان من مميزات العصر الفاطمي استعمال النصوص التاريخية والآيات القرآنية، بل كان أساس لعناصر زخرفية جميلة.
ويوجد بالقرب من رواق الشراقوة قبلة صغيرة من الخشب ترجع لعام 627 هجري، تعرف بقبلة الشيخ الشربيني، كما يوجد بصحن الجامع أربعة محاريب صغيرة أحدهما يلي رواق معمر، وقد جدده شخص يدعى الخواجة مصطفى بن الخواجة محمود بن جبلي، كما يوجد بباب المجاز بإيوان القبلة محرابان نقش على أحدهما بالخط الكوفي “لا إله إلا الله” وبالقرب من الباب الثاني لإيوان القبلة محراب مكتوب عليه ” أمر بتجديد هذا المحراب السعيد سيدنا ومولانا الإمام الأعظم والملك الأكرم السلطان الملك الأشرف قايتباي “.
ويوجد بالأزهر ستة صهاريج للمياه (إناء كبير لحفظ المياه، ويصنع غالباً من الحديد)، منها أربعة بالصحن والخامس في رواق الصعايدة، وقد أنشأها بالقرب من باب المغاربة، كما كان المسجد الجامع الأزهر يضم عدداً كبيراً من الأروقة والحارات، ولم يبق منها الآن إلا 29 رواق و14 حارة، أحدث الأروقة وأكبرها هو الرواق العباسي، بني في عهد الخديوي عباس حلمي الثاني في عام 1315 هجري، وقد بني على الطراز العثماني، وهناك عدد آخر من الأروقة سميت غالباً باسم من سكنها من طلبة مثل رواق المغاربة ورواق الشوام ورواق الصعايدة ورواق اليمينة ورواق الأتراك ورواق البغداديين ورواق الأكراد ورواق الهنود ورواق البرابرة ورواق الشراقوه ورواق القيومية.
وبمقارنة تخطيطه نجد أن الجامع الأزهر اشترك مع جامع أحمد بن طولون في الصحن المكشوف والإيوانات المحيطة به من حيث تخطيطه، كما شاركه في أنه لم تفتح به شبابيك سفلية، بل فتحت في أعلى الحوائط مثل باقي المساجد الفاطمية.
