نظراً لكثافة عدد المصلين والوافدين للملكة جرت تعديلات على التوسعة وبدأت التوسعة الثانية في عهد خادم الحرمين الشريفين واستغرقت أكثر من ست سنوات، واستوعبت هذه الزيادة ما يزيد عن الواحد والعشرين مليون شخص يزورون المسجد الحرام سنوياً، حسب إحصائية شركة بن لادن المسؤولة عن عام توسعة الحرم الشريف، علماً بأن مجموع عدد الحجاج الذين وصلوا إلى المملكة منذ عام 1345 هجري إلى عام 1414 هجري قد وصل إلى (26386620) حاجاً من خارج المملكة.
خصائص توسعة خادم الحرمين الشريفين:
لم تصل قدرة المسجد الحرام الاستيعابية هذه بطريق ممهد بين يوم وليلة وإنما مر ذلك بمراحل كثيرة؛ أولها الدراسات التي قدمت لخادم الحرمين الشريفين على أعلى المعايير والتصاميم التي أخذت وقتها حتى وصلت إلى صورتها النهائية بعد اطلاع خادم الحرمين الشريفين عليها بل متابعتها أولاً بأول منذ كانت فكرة.
حيث أصدر أمره الملكي الكريم ووضع حجر الأساس في توسعة الحرم المكي الشريف في يوم الثلاثاء من شهر صفر 1409 هجري الموافق 15/1/1989 ميلادي، على أن تبدأ أعمال التوسعة في الثامن شهر جمادى الآخر عام 1409 هجري الموافق 15/2/1989 ميلادي، بعد أن تم تعويض الملاك عن أملاكهم (تعويضات فورية ومجزية) وإعطائهم فترة سماح مناسبة لإخلاء الممباني مع عدم قطع خدمات عنهم، بل تحويلها إلى مسارات أخرى مؤقتة بعيدة عن نقطة العمل حتى لا تتعطل إجراءات التنفيذ.
وبناءاً على تقرير أعدته مجموعة بن لادن السعودية في مكتب المستشار الخاص لرئيس مجلس الإدارة والمدير العام لمشروعي خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز لتوسعة وعمارة المسجد الحرام والمسجد النبوي الشريف والذي اعتمدت عليه فيما يتعلق ببيانات التوسعة الخاصة للمسجد الحرام، فقد راعت التصاميم التي أشرف عليها خادم الحرمين الشريفين شخصياً والدقة في كل تفصيلاتها والتجانس الكامل لتوسعة الحرم المكي الشريف في كل عناصره، واستخدم أفضل ما وصلت إليه التكنولوحيا الحديثة.
وتتضمن التوسعة إضافة جزء في منطقة السوق الصغير بين باب العمرة وباب الملك والاستفادة من المساحة المحيطة بأسطح المبنين الجديدين مبنى الحرم القديم وتطوير المنطقة المحيطة بالحرم لتسهيل الحركة، وذلك بتوفير الخدمات المساندة وتأمين أنظمة السلامة المتطورة ونظام تغذية وصرف الماء ومواقف للسيارات من طابقين.
