كانت الزخرفة الرخامية والحجرية في هذا الجامع تمثل عودة لتقليد معماري وزخرفي، انتشر في القرن السابع عشر، ونشاهد هذه الزخرفة الرخامية المنحوتة على المدخلين الرئيسين المطلين على شارع الأكواش والزنقة الضيقة، وعلى مدخل الضريح كلها عقود من نوع حذوة الفرس.
وهنا نشاهد لأول مرة أن عقود المداخل الثلاثة تتكون فقط من ثلاث قطع هما: كوشتا العقد ومفتاح العقد يمثل القطعة الثالثة كل كوشة عقد بها عنصر الوريدة المنحوت نحتاً بارزاً ومفتاح العقد له، كذلك وريدة مشابهة ولكنها أصغر حجماً، وعنصر الهلال الزخرفي المنحوت محمول على عنصر زخرفي بارز على هيئة السحب، ونفس تصميم هذه الوريدات نجده في قاعدة كل صدغ من صدغي عقد المدخل.
بالإضافة إلى ذلك يحيط بكل مدخل حليتان زخرفيتان متوازيتان بارزتان، وتكسو المساحة المحصورة بينهما بلاطات من القاشاني الملون، وتحدد هذه المداخل الثلاث أطر من بلاطات القاشاني الملون.
خصائص زخرفة جامع قرجي في ليبيا:
نشاهد في جامع مصطفى قرجي أشكالاً ومواد زخرفية جديدة، زخرفت المداخل الرخامية الثلاثة وكذلك تربيعات الشبابيك لبيت الصلاة بأشكال نباتية وأزهار منفذة بالرخام المطعم، وتتكون الزخرفة من عنصر المزهرية التي يخرج منها توريق ملتو به أزهار وأوراق منفذة بطريقة التطعيم بالرخام الملون، انعكس هذا الترتيب أيضاً على عقد المحراب، أما أطر النوافذ من الرخام المطعم بعدة ألوان فهي عبارة عن إكليل الغاز، الذي يتكون من ثلاثة أشرطة زخرفية ملتوية ومصحوبة بأزهار وأوراق باللون الأسود والأحمر والبني.
ويعتبر منبر جامع قرجي إسوة بمنبر جامع القرماني تحفة فنية رائعة من الرخارف الرخامية المطعمة، وقسمت مجنبتا المنبر إلى قطاعات تفصلها حليات زخرفية رخامية بارزة تشغل هذه القطاعات زخارفية نباتية وتوريقات ملتوية وأزهار منفذة بالرخام المطعم، وتحمل في بعض تفاصيلها الزخرفية التأثيرات الأوروبية.
ونشاهد كذلك أشكالاً غريبة عن الفن والعمارة الإسلامية في ليبيا المتمثلة في الأعمدة التي تحمل عقد المحراب ذات القنوات الرأسية والقبة التي تعلو مقعد المنبر وعقد المنبر بهذا الجامع، الأعمدة الرخامية في بيت الصلاة وفي صحن المدرسة الملحقة بالجامع، وتلك التي تحمل الشرفات المعلقة التي تحيط ببيت الصلاة جميعها من الطراز التوسكاني المستحدث تزخرفها حليات غائرة وبارزة من نوع الموجة العدلة والموجة المرتدة.
