الفتنة الأولى :
بعد اغتيال عثمان، تم الاعتراف بعلي بن أبي طالب كخليفة في المدينة المنورة، على الرغم من أنّ دعمه ينبع من الأنصار والعراقيين، بينما كان الجزء الأكبر من قريش حذراً من حكمه.
جاء التحدي الأول لسلطة علي بن أبي طالب من الزعيمين القريشيين الزبير وطلحة، اللذين قاما بمعارضة تمكين عثمان للعشيرة الأموية، لكنهما كانا قد خافا أن يتلاشى تأثيرهما وقوة قريش بشكل عام في عهد وخلافة علي بن أبي طالب.
وبدعم من عائشة بنت أبي بكر، وهي زوجة النبي محمد، حاولوا حشد الدعم ضد علي بن أبي طالب في صفوف قوات البصرة، ممّا دفع الخليفة إلى المغادرة إلى مدينة الكوفة الحامية الأخرى في العراق، حيث يمكنه مواجهة منافسيه بشكل أفضل.
هزمهم علي في معركة الجمل، التي قُتل فيها الزبير وطلحة، وبالتالي دخلت عائشة في عزلة ذاتية، بعد ذلك تمّ الاعتراف بسيادة وخلافة علي بن أبي طالب في البصرة ومصر وقام بتأسيس الكوفة كعاصمة جديدة للخلافة الإسلامية.
على الرغم من أنّ علي كان قادرًا على استبدال حكام عثمان في مصر والعراق بسهولة نسبية، فقد قام معاوية بعملية تطوير قاعدة قوة قوية وجيشًا فعالًا ضد البيزنطيين من القبائل العربية وقام بجمعهم في سوريا.
لم يطالب معاوية بتوليه للخلافة لكنه كان مصممًا ومصرًّا على الاحتفاظ بالسيطرة على سوريا وقام بمعارضة علي وذلك بحجة الانتقام لقريبه عثمان، متهمًا الخليفة بالذنب في وفاته، حارب علي ومعاوية إلى طريق مسدود في معركة صفين في أوائل (657).
وافق علي على عملية تسوية الأمر مع معاوية وذلك عن طريق عملية التحكيم، على الرّغم من أنّ المحادثات فشلت في التوصل إلى حل، أدى قرار التحكيم إلى إضعاف الموقف السياسي لعلي بشكل أساسي حيث اضطر إلى التفاوض مع معاوية على قدم المساواة، في حين قام بعملية دفع عدد كبير من مؤيديه، الذين أصبحوا معروفين باسم الخوارج، إلى الثورة.
كان تحالف علي قد تفكك بشكل مطرد وبسبب ذلك أصبح هناك انشقاق في العديد من نبلاء العشائر الموجودة في بلاد الرافدين سرًا إلى معاوية، في حين أنّ حليف معاوية وهو عمرو بن العاص الذي تم خلعه حي عندما كان محافظ علي من مصر في يوليو (658).
في يوليو (660)، تمّ الاعتراف رسميًا بمعاوية على أنه الخليفة في القدس من قبل حلفائه من القبائل السورية، اغتيل علي على يد الخوارج في (661)، وخلفه ابنه حسن لكنّه تنازل عن العرش مقابل تعويض عند وصول معاوية بن أبي سفيان إلى العراق مع جيشه الذي كان يتمركز السوري في الصيف، حيث دخل معاوية الكوفة في ذلك لوقت وحصل على ولاء العراقيين.
