جاء إنشاء المدينة والانتقال إليها فيما بين العام الخامس والعام السادس من حكم أخناتون وهو تاريخ احتفال العائلة المالكة بالذكرى الثانية لاختيار هذا الموقع.
العائلة الفرعونية المالكة أفق آتون
- كان الملك سمنخ كارع والملك توت عنخ آمون هما الوريثان الذكران الوحيدان وقد أكدا شرعيتهما في التربع على عرش البلاد بزواجهما ببنات الملك.
- كان الملك توت عنخ آمون في التاسعة من عمره عندما خلف الملك سمنخ كارع وتزوج من الأميرة (عنخ إس إن باآتون).
- في بداية الأمر أقام توت عنخ آمون في الحي الشمالي من مدينة أخت آتون وسرعان ما غادر من تل العمارنة ليتم نقل مقره الرسمي إلى منف ويستخدم قصر ملقاطة مقراً ملكياً مؤقتاً في طيبة.
- مع بداية عصر الرعامسة ترك الموقع مهجوراً تماماً لصالح هرموبوليس على البر الآخر من النهر وإنكب عمال المحاجر على فك أحجار التلاتات التي كان قد شُيّد بها المنشآت والمباني لاستخدامها في إنشاء مباني جديدة.
- تولى ولنكسون ولبسيوس استكشاف المقابر التي نحتت في الصخر ثم جاء اكتشاف رسائل العمارنة عام 1887 ليشد انتباه الباحثين في العاصمة المنسية.
- عُثر على مرسم الفنان تحتمس وبه عشرون قطعة تمثل الرؤوس الملكية والنماذج والأقنعة ومن بينها رأس الملكة نفرتيتي.
- تقع المنطقة الحضرية إلى الشمال من الموقع وتضم المعبد الكبير والمقر الرسمي للملك وإلى الشمال والجنوب توجد ضاحية تفصل بين وسط المدينة والقصر الشمالي وحديقة مارو آتون.
- تمتد المباني لمسافة تسعة كيلومترات ولا يتجاوز عمقها أكثر من كيلو متر واحد والمعيار الحضاري الوحيد هو القرب من القصر الملكي.
- تغطي المدينة شبكة من الطرق المتقاطعة عمودياً فتخترق ثلاث طرق المدينة من الشمال وإلى الجنوب تربطهما شوارع تجري من الشرق إلى الغرب، ويخترق قلب المدينة طريق فسيح يفصل بين القصر والمعبدين القائمين على جانبي المقر الملكي.