يعتبر حاكم البحرين من سنة 1869 حتى موته في المحرق في سنة 1932 ودفن في الرفاع الغربي، حيث كان لقبه حكيم البحرين وتعتبر فترة حكمه من الأطول في منطقة الخليج العربي واستمرت 63 سنة.
لمحة عن عيسى بن علي آل خليفة
ولد الشيخ عيسى بالبحرين سنة 1848 وحصل على تعليم خاص كان الابن الأكبر للشيخ علي بن خليفة آل خليفة حاكم البحرين والزبارة، حيث تعد أمه الشيخة ثاجبة بنت أحمد آل خليفة ابنة الشيخ أحمد بن سلمان آل خليفة.
لقد أعلن حاكماً بعد أن عزل الوكيل السياسي البريطاني ابن عمه محمد بن عبد الله آل خليفة في سنة 1869، حيث فقد كل ممتلكاته في شبه جزيرة قطر بشكل عام والزبارة بشكل خاص في سنة 1871 عندما استولى آل ثاني على شبه الجزيرة بأكملها بمساعدة الإمبراطورية العثمانية ثم توقف عن دفع الجزية في العام التالي.
حياة عيسى بن علي آل خليفة
لقد تم الاتفاق مع بريطانيا على الامتناع عن إبرام أي معاهدات أو عقود مع أي قوة أو دولة أجنبية أخرى دون موافقة بريطانية في 22 ديسمبر سنة 1880، حيث تم تأكيد هذه الاتفاقية باتفاقية أخرى في 13 مارس سنة 1892.
لقد أصبح الحاكم الوحيد للبحرين بعد موت أخيه في سنة 1888 عندما تم تغيير لقبه من رئيس إلى حاكم البحرين، حيث منحه تكريماً شخصياً لإطلاق النار من 11 بندقية إلى جانب إعطائه لقباً يسبق اسمه في سنة 1909.
أرسى أسس الدولة الحديثة ونظم قوانين البلاد وشؤون الأسرة الحاكمة وأقام القضاء وزاد من عدد المزارع في مختلف أنحاء البلاد وأنشأ الموانئ ومصايد الأسماك وأنظمة اللؤلؤ وعزز الطب، حيث يشمل ذلك إنشاء أول عيادة في المنامة سنة 1892 وأول مستشفى حديث في منطقة الخليج العربي سنة 1902 ثم مستشفى الملكة فيكتوريا التذكاري.
وفي نهاية ذلك أجبر عيسى بن علي على التنازل عن العرش بأمر من السلطات البريطانية والمستشار السياسي البريطاني في سنة 1923 على تسليم مقاليد الحكم إلى الابن الأكبر الباقي على قيد الحياة كولي للعهد، حيث عاش بعد ذلك في شبه تقاعد واستمر في التمتع بحقوقه كحاكم، بالرغم من أن هذا التنازل لم يعترف به البحرينيون أبداً الذين اعتبروا خليفته حمد مجرد نائب للحاكم حتى موت عيسى سنة 1932.