أغلب زخارف المسجد محفورة في الجص نراها في واجهات الأروقة المشرفة على الصحف وحول الطارات الكبيرة والصغيرة وفي الشريط الذي يدور حول المسجد أسفل طراز الكتابة
تعتبر العمارة الطولونية والإخشيدية في مصر والشام امتداداً للعمارة العباسية في العراق، وقد كان أحمد بن طولون تلميذاً مخلصاً للمدرسة السامرائية خصوصاً، كما أن قصر فترة الدولتين لم يسمح بكثي من الإنجازات.
بدأ في إنشائه العزيز بالله سنة 380 هجري وأتمه ابنه الحاكم وإليه ينسب، وفتح للصلاة صنة 493 هجري وتخطيطه قريب من المربع حيث تبلغ أبعاده 113 متر × 120.5 متر، ويعتبر هذا الجامع بداية العمائر الفاطمية المحلية التي التزمت بأسلوب مسجد ابن طولون،
