كما هو الحال مع أي مجال للبحث العلمي، هناك الكثير من الخلافات حول القضايا داخل الفلسفة التجريبية المعاصرة، فهناك خلافات حول دراسات معينة والآثار المترتبة على أنواع مختلفة من النتائج وما إلى ذلك، ولكن هناك أيضًا تحديات واسعة النطاق لفكرة أن أبحاث الفلسفة التجريبية يمكن أن تكون مفيدة في معالجة الأسئلة الفلسفية.
كارل بوبر:
في الفلسفة المعاصرة هناك مفكرون على الرغم من تعاطفهم بشكل عام مع الوضعية المنطقية، إلّا أنّهم أبدوا تحفظات على بعض المذاهب التي غالبًا ما ترتبط بالتجربة التقليدية، فرفض فيلسوف العلم المهم كارل بوبر-1902-1994 -، الحيثية التي ترى نمو المعرفة التجريبية كنتيجة لروتين ميكانيكي للتعميم القائم على العلاقات المتبادلة المتمرسة.
فجادل بوبر بأن العبارة تجريبية إذا كانت قابلة للدحض من خلال التجربة، أي إذا كانت هناك تجارب محتملة من شأنها أن تُظهر أنّ العبارة خاطئة، ومع ذلك نظرًا للدور المركزي الذي تلعبه التجربة في التزييف، ظل بوبر ينحدر تمامًا من المعسكر التجريبي.
كوين:
فيلسوف ومنطق أمريكي مؤثر اسمه كوين – 1908-2000 -، كان ينتقد لجوء الوضعيين المنطقيين المتكرر إلى مفهوم المعنى ورفض التمييز الحاد الذي قاموا به بين الحقائق التحليلية والتركيبية، واعتبر كوين أنّ المفاهيم والمعتقدات البشرية هي نتيجة مشتركة للتجربة والاتفاقية، ونفى أنّ دور هذين العاملين يمكن تمييزه بسهولة كما يؤكد التجريبيون.
كانت نظرية المعرفة واحدة من التخصصات المركزية للفلسفة الغربية منذ القرن السابع عشر، ولربما أهم قضية لها هي تلك بين التجريبية والعقلانية، وهي قضية لا تزال قيد المناقشة بنشاط، ومن ناحية أخرى فإنّ فكرة أنّ العلم يعتمد على افتراضات مسبقة جوهرية ولكن غير تجريبية قد تم التشكيك فيها من خلال حقيقة أنّه في بعض المناطق يبدو أنّه يتماشى بدونها، أي بدون الحفظ في علم الكونيات، دون السببية في فيزياء الكم.
نعوم تشومسكي:
وفي نفس السياق ولكن من ناحية أخرى، تم إحياء النظرية التقليدية للقوى الفطرية للعقل من خلال الاعتبارات الكامنة وراء نظرية اللغة التي قدمها اللغوي الأمريكي نعوم تشومسكي، الذي يرى أن تعلم اللغة سريع جدًا وعالمي جدًا بحيث لا يمكن عزوها بالكامل لعملية تكييف تجريبية.
تتمثل القوة الأساسية للتجربة في إدراكها أنّ المفاهيم والمعتقدات البشرية تنطبق على عالم خارج الذات، وأنّ هذا العالم يعمل على الفرد عن طريق الحواس، ومع ذلك فإنّ السؤال حول مدى مساهمة العقل نفسه في مهمة معالجة مدخلاته الحسية هو سؤال لا يمكن لأي حجة بسيطة الإجابة عليه.