نظراً لأن بادرات الدخن رهيفة، فإن مقاومتها للحشائش تكون قليلة، لذلك يجب التبكير بمقاومة الحشائش، وذلك في الأطوار الأولى من حياة النبات، تقاوم الحشائش بواسطة العزيق أو استعمال مبيدات الحشائش، ويصاحب الدخن عادة الحشائش الصيفية، كما يصاب الذخن في بعض دول أفريقيا بحشيشة الفيتش Wichweed ناقصة التطفل.
الحشرات:
يصاب الدخن بدرجة قليلة بثاقبات الساق، كما أنه قليل الإصابة بالمنّ، لذلك فيفضل زراعته في المناطق التي تشتد فيها إصابة الذرة الرفيعة بهذه الآفات.
الأمراض النباتية:
- مرض التفحم: تشتد الإصابة بهذا المرض في المناطق الباردة، يصبح لون الحبوب المصابة أسود ومملوءة بكتل من الجراثيم، ويقاوم هذا المرض عن طريق حرق النورات المصابة وإنتاج أصناف مقاومة لهذا المرض.
- مرض البياض الزغبي: يعتبر من أهم الأمراض التي تصيب الدخن في الهند وفي دول أفريقيا، ويسبب هذا المرض تقزّماً في النمو ونقصاً في محصول الحبوب، ويتحول لون الأجزاء المصابة إلى اللون الأبيض وتحدث الإصابة عن طريق التربة أو عن طريق بقايا المحصول السابق، ويقاوم هذا المرض عن طريق اقتلاع النباتات المصابة وحرقها وإنتاج أصناف مقاومة.
- مرض الصدأ: هذا المرض شائع الانتشار في حقول الدخن ويؤدي إلى ظهور بثرات برتقالية اللون على الأجزاء المصابة من النبات، ويقاوم هذا المرض عن طريق زراعة أصناف مقاومة والزراعة في ميعاد مبكر.
- مرض الإيرجوت: تحتوي الحبوب المصابة كتلاً هيفية للفطر المتسبب للمرض بدلاً من الحبو؛ ممّا يتسبب عنه نقصاً في المحصول، ينتج عن تناول الحبوب المصابة الغثيان والقيء والدوخة، وذلك لأن الكتل الهيفية للفطر المتسبب تحتوي على مواد ضارة لكل من الإنسان والحيوان إذا تغذت على الحبوب المصابة، ويقاوم هذا المرض باستعمل تقاوي خالية من الإيرجوت، واتباع دورة زراعية مناسبة.
الطيور:
تعتبر الطيور من أهم الآفات التي تسبب فقداً كبيراً في كمية محصول الدخن، ويمكن تقليل هذا الفقد عن طريق زراعة أصناف نوراتها ذات أشواك عديدة وطويلة، بحيث تعمل على إعاقة الطيور عند محاولتها أكل الحبوب، وهذه الأصناف موجودة في بعض الدول المنتجة للدخن.
الحصاد:
تحصد النباتات عندما تنضج الحبوب ويتم الحصاد بقطع النورات، ويجب عدم التأخير في الحصاد حتى لا تنفرط الحبوب على الأرض أو لا تتعرض للطيور فترة أطول، وفي الدول النامية يتم قطع النورات يدوياً، بينما تحصد النورات ميكانيكياً بواسطة آلات الحصاد، وبعد الحصاد اليدوي تنقل النورات إلى مكان متسع حتى يتم دراسها.