تخطيط جامع محمد علي:
يتكون تخطيط هذا الجامع من قسمين أساسين هما الجزء المغطى والحرم، وبالنسبة لتخطيط الجزء المغطى تعلوها مثلها ترتفع فوقها عقود نصف دائرية تحصر فيما بينها -أي في كوشاتها- منطقة انتقال القبة الوسطى المركزية، وهي عبارة عن أربعة مثلثات كروية ويحيط بهذه القبة أربعة أنصاف قباب يحمل كل نصف قبة منها، مثلثين كرويين وتوجد في الأركان الأربعة لهذه المساحة المربعة أربع قباب صغيرة، بواقع قبة في كل ركن من الأركان محمولة على أربعة مثلثات كروية أيضاً.
هذا ويتوسط صدر الضلع الجنوبي الشرقي لهذه المساحة إيوان صغير يبرز نحو الخارج، ويتوسط صدر هذا الإيوان المحراب، ويغطي هذا الإيوان نصف قبة محمولة على مثلثين كرويين، ويذكرنا هذا الإيوان بمثليه في جامع الملكة صفية، ولكنه مغطى بنصف قبة وليس بقبة كاملة تماماً مثل الجوامع العثمانية، هذا ويحيط بالجزء المغطى من الخارج من جانبيه الجنوبي الغربي والشمالي الشرقي رواقين خارجيين بواقع رواق بكل جانب مغطى بقباب ضحله محمولة على مثلثات كروية، وبواجهة كل رواق منهما بائكة من أحد عشر عقداً نصف دائرياً ترتكز على أحد عشر عموداً رخامياً مستديراً.
تصميم جامع محمد علي:
أما الحرم فهو يتقدم الجزء المغطى من الجهة الشمالية الغربية، وتخطيطه عبارة عن مساحة مربعة يتوسطها صحن مكشوف تحيط به أربعة أورقة مغطاة بقباب ضحلة محمولة على مثلثات كروية، ويشرف كل رواق منها على الصحن ببائكة ذات أحد عشر عقداً نصف دائرياً، ويستثنى من ذلك بائكة الرواق الشمالي الغربي فهي ذات اثنا عشر عقداً منها عقدان مصمتان بواجهة برج الساعة الذي يتوسط هذا الرواق، هذا ويتوسط صحن الحرم فسيقة الوضوء التي يرجع تاريخ إنشائها إلى 1363-1846 هجري.
وعند تأصيل هذا التخطيط نجد أنه يبدو ولأول وهلة كما لو كان منقولاً نقلاً مباشراً من إسطنبول، ومن ثم لا نشاهد به ما يمت للطراز المصري المحلي بصله، ومن الجوامع العثمانية التي صممت وفق التخطيط كل من: جامع شاهزاده وجامع السلطان أحمد، ويكاد يكون هناك شبه إجماع بين العلماء والباحثين على أن جامع محمد علي مستوحى أو مقتبس من هذا الجامع، وهذا القول لا يمثل الحقيقة كلها.