مع بداية القرن الثامن عشر ميلادي قامت أسرة تشينغ بحكم أراضي سنجان واستمر حكمهم حتى عام 1912 ميلادي، وتم تأسيس حكم سلالة تشينغ ذلك خلال حروب تشينغ زونغار وذلك عندما قامت أسرة تشينغ الصينية بقيادة المانشو خانات زونغار القومية، واستمر حكم سلالة تشينغ حتى سقوطها، وفي عام 1884 ميلادي تحولت مقاطعة سنجان إلى مقاطعة.
سنجان تحت حكم سلالة تشينغ
في السابق كانت أراضي جونغاريا في سنجاب هي نفسها أراضي خانات زونغار وقامت سلالة تشينغ بالسيطرة على أراضي شرق سنجاب وذلك بعد صراع طويل مع زونغار وقد بدأت تلك الصراعات في القرن السابع عشر ميلادي، مع بداية عام 1755 ميلادي قام أمارسانا بمهاجمة أسرة تشينغ عويا وعندما لم يتم الاستجابة له قام بقيادة ثورة ضد أسرة تشينغ وتم خلال تلك العمليات تدمير جيوش تشينغ وسيطرت سلالة تشينغ الصينية على المسلمين الأتراك والإيغور وطالبوا من الصين تحريرهم من حكم الجونغاريين.
وافقت أسرة تشينغ على حكم كومال وتورفان وذلك كونهم تابعين في حكمهم لأسرة تشينغ، بدأت أسرة تشينغ بشن حملات عسكرية ضد الجونغار وتمكنوا من هزيمتهم بالنهاية، ومن ثم قام رجال المانشو التابعين لأسرة تشينغ بعملية إبادة جماعية ضد الشعب الجونغاري، وتم من خلال تلك العملية إنهاء وجود الجونغاريين بشكل كامل، قامت أسرة تشينغ بسحق التمردات القائمة ضدهم، وفي بداية عام 1759 ميلادي تمكنت الصين من السيطرة على كافة أراضي جونغاريا وحوض تاريم.
كان الشعب الجونغاري يعيش في المنطقة الغربية من السور الصين العظيم والتي امتدت حتى شرق أراضي كازاخستان وإلى جنوب سيبيريا وكانت هي تلك الإمبراطورية البدوية التي تهدد الوجود الصيني في المنطقة وقد استمر ذلك لتهديد منذ بداية القرن السابع عشر ميلادي حتى نهاية القرن الثامن عشر ميلادي، وقامت عدد من الصراعات العسكرية وتمكنت أسرة تشينغ من خلال تلك الحملات من وضع الشعب الجونغاري تحت حكمهم.
قامت أسرة تشينغ بالسيطرة على حك شرق أراضي سنجان وذلك بعد صراعات طويلة مع الجونغار، وفي عام 1755 ميلادي قامت إمبراطورية تشينغ بغزو غويا ودمرت جيوش المغول وحاولوا بتقسيم أراضي سنجان إلى أربعة أقسام، ومع بداية عام 1758 ميلادي بدأت التمردات في جنوب وشمال جبال تيان شان، بعد ارتكاب المذابح ضد سكان الجونغارية وذلك بعد عمليات الإبادة الجماعية، وفي عام 1759 ميلادي شددت أسرة تشينغ حكمها في المنطقة وقامت بتهجير الصينيين إلى أراضي تشينغ.
قام الإمبراطور تشيان لونغ بالسيطرة على أراضي سلالة تشينغ وقام بتقسيم المنطقة إلى منطقتين شمالية وجنوبية وقام المسلمون الأتراك والأيغور وسكن المغول الجونغار في الشمال، في عام 1757 ميلادي تم تدمير الإمبراطورية بشكل كامل، قام تشيان لونغ بعملية الإبادة الجماعية وقام رجال رايات المانشو بقتل الرجال والنساء، قام الإمبراطور تشيان لونغ بإصدار أوامر بقتل الجونغاريين وطلبوا بعدم الرحمة وكانوا بقتل الرجال ويأخذون النساء غنائم.
أعلن تشيان لونغ بأنّ الطريق الرئيسي للحصول على الاستقلال يكون بواسطة القضاء على البرابرة وتم توقيع معاهدة الأمم المتحدة للإبادة الجماعية والتي تم المطالبة من خلالها وقف عملية قتل الجونغاريين، وتم اعتبار تلك العملية من أقسى عمليات القتل التي تمت وتم المطالبة بعملية إيقافها، قام المتمردون الإيغور بإعلان استسلامهم أمام حكم تشينغ وطلبوا من تشينغ الوقوف إلى جانبهم من أجل إسقاط حكم زونغار وقام الأيغور بدعم تشينغ بالقوات العسكرية في حملته ضد زونغار.
خلال حملة أسرة تشينغ قالت بأنّها لا تريد التعرض للمسلمين الأيغور وإنما حملتها كانت ضد الجونغاريين والذين كانوا يقومون بعملية التخريب، وطلبت من المسلمين الوقوف إلى جانبهم أنّها سوف تقوم بدعمه وتحريره من حكم زونغار، كانت عملية القتل التي تمت ضد جونغاريا والتي تم من خلالها التدمير الكامل لأراضيها ولم تقوم مرة أخرى لفترة طويلة ويقول العلماء بأنّ تلك العملية عبارة عن إبادة عرقية وتتم بشكل متعمد، وأنّ التصرف الذي قامت به أسرة تشينغ خارج عن نطاق البشرية.
الهدف الذي كانت تسعى إليه أسرة تشينغ من خلال ذلك التصرف هو القضاء على البرابرة والذين كانوا يتصفون بعملية القتال الوحشة وكانت أسرة تشينغ متخوفة من سيطرتهم على أراضي سنجان وعلى باقي الأراضي الصينية التي تقع تحت حكمهم، فقد كانت أسرة تشينغ من أهم أهدافها السيطرة على سنجان والعمل على على توسعة حكمها في منطقة جنوب شرق آسيا.