غزو نابليون لمصر
في عام (1798)، سمحت الجمهورية الفرنسية بشن حملة في الشرق لحماية المصالح التجارية الفرنسية وإلغاء وصول المملكة المتحدة لبريطانيا العظمى وأيرلندا إلى الهند، تحقيقا لهذه الغاية، قاد الجنرال نابليون بونابرت جيش الشرق إلى مصر، هزم نابليون قوات المماليك في معركة الأهرامات، أثناء غزو مصر عام (1798)، وطردهم إلى صعيد مصر، استمر المماليك في استخدام سلاح الفرسان الكلاسيكي الذي أضافوا إليه استخدام البنادق.
على الرغم من تحقيق الكثير من الانتصارات في البداية إلى سوريا، فإن الصراع المتصاعد في أوروبا والهزيمة السابقة لأسطول الدعم الفرنسي من قبل البحرية الملكية البريطانية في معركة النيل حددت العودة.
في (14) سبتمبر (1799)، أنشأ القائد جان بابتيست كليبر مجموعة ركاب من المماليك والسوريين والإنكشاريين من القوات التركية التي تم أسرهم عند حصار عكا، أعاد الجنرال جاك فرانسوا مينو ترتيب الشركة في (7) يوليو (1800)، وكوّن (3) شركات من (100) رجل لكل منها وتغيير اسمها إلى مماليك الجمهورية، بموجب مرسوم صادر في (25) ديسمبر (1803)، تم تنظيم المماليك في سرية ملحقة بـ الصيادين على الأحصنة من الحرس الإمبراطوري.
عاد نابليون إلى فرنسا مع حرسه الشخصي في نهاية عام (1799)، اغتيل خليفته في مصر، الجنرال جان بابتيست كليبر، في (14) يونيو (1800)، سقطت قيادة الجيش في مصر في يد جاك فرانسوا مينو، استسلم مينو للبريطانيين في عام (1801) بسبب العزلة ونقص الإمدادات.
الانسحاب الفرنسي ووصول محمد علي
بعد ذهاب الفرنسيين عام (1801)، استمر المماليك بجهادهم من أجل الاستقلال، ولكن هذه المرة ضد الإمبراطورية العثمانية وبريطانيا العظمى، في عام (1803)، أرسل القائدان المملوكيان إبراهيم بك وعثمان بك رسالة للقنصل العام الروسي، يطلبان منه التوسط لدى السلطان العثماني حتى يتمكنوا من التوقيع على وقف إطلاق النار والعودة إلى وطنهم جورجيا.
رفض السفير الروسي في اسطنبول ذلك، حيث كانت الحكومة الروسية تخشى السماح للمماليك بالعودة إلى جورجيا، حيث نشأت حركة تحرير وطنية قوية ربما شجعتها عودة المماليك.
في عام (1805)، ثار سكان القاهرة، كانت هذه فرصة ممتازة للمماليك للاستيلاء على السلطة، لكن التوتر الداخلي والخيانة منعهم من استغلال هذه الفرصة، في عام (1806)، هزم المماليك القوات التركية في عدة مناسبات، وفي يونيو أبرمت الأطراف المتحاربة معاهدة سلام.
عُيّن القائد العثماني من أصل ألباني محمد علي باشا، حاكماً لمصر في (26) مارس (1806)، حاول المماليك القضاء عليه وإعادة سلطة الدولة في مصر إلى المماليك، ومع ذلك، لم يتمكنوا مرة أخرى من الاستفادة من الفرصة بسبب النزاعات الداخلية وحافظ محمد علي على سلطته.
