بعد أن فتح عمرو بن العاصمصر، كان أول ما أمر به هو بناء جامع وسط المدينة، كان شكل الجامع الأصلي وقت بنائه عام 21 هجري، يختلف عن شكله الحالي، فقد كان يتكون من مساحة مستطيلة طولها خمسون ذراعاً وعرضها ثلاثون ذراعاً، ويحيط بالجامع من الجهات الأربعة بطرق عرضها سبعة أذرع، كانت أرضيته مفروشة بالحصر، وسقفه مغطى بسعف النخيل المحمول على ساريات من جذوع النخيل المغطى بالطين، بنيت جدران المسجد من الطوب اللبن، كان له ستة أبواب، قد اشترك ثمانون صحابياً في تحديد اتجاه القبلة، إلا أنها جاءت منحرفة قليلاً نحو الشرق.
الجامع العتيق عبر العصور:
أضيف للمسجد العتيق أو مسجد عمرو الكثير من الزيادات والتجديدات عبر العصور المختلفة، كان أول تجديد وزيارة للمسجد في عام 53 ميلادي، في العصر الأموي في عهد الخليفة معاوية بن أبي سفيان، فقد أرسل أمير مصر في ذلك العصر مسلمة بن مخلد الأنصاري إلى معاوية يخبره بشكوى المسلمين من ضيق المسجد، فأمر معاوية بزيادة المسجد وتوسعته وقد دهنه مسلمة بطلاء وزخرف الجدران والسقوف وفرشه بالحصر، كما بنى أول منارة وممّا ذكر أيضاً أن مسلمة أقام في أركان المسجد الأربعة مآذن.
كانت الزيادة الثانية في عهد الخليفة عبد الملك بن مروان حيث قام أخوه أمير مصر عبد العزيز بن مروان بهدم وإعادة بناء المسجد في سنة 79 هجري، وزاد في مساحة المسجد وارتفع بسقفه عام 89 هجري، وفي سنة 93 هجري نصب منبراً جديداً في مسجد عمرو، كما أضاف محراب مجوف وهو الآن معروف بمحراب عمرو، لأنه أقيم في نفس تجويف المحراب القديم الذي بناه عمرو بن العاص.
في العصر العباسي أضاف إليه والي مصر صالح بن علي عام 133 هجري في عهد الخليفة أبي العباس السفاح مساحة جديدة، وفي عصر الخليفة المأمون أمر والي مصر عبد الله بن طاهر بزيادة المسجد والتي تعبر عن مساحته الحالية.
وقد أصاب هذه الزيادة حريق هائل في عهد الطولونية، فأمر خماروية بن أحمد بن طولون بعمارة هذا الجزء وإعادته إلى ما كان عليه وأنفق في ذلك ستة آلاف وأربعمئة دينار.
في العصر الإخديشي نقشت الأعمدة وطوقت بأطواق من فضة، وفي العصر الفاطمي لم ينقطع الاهتمام بالجامع رغم ظهور الجامع الأزهر الذي صار مسجد الدولة الرسمي، فقد أمر الخليفة العزيز بالله ثاني الخلفاء الفاطميين عام 307 هجري أن يزيد في النافورة الموجودة تحت بيت المال ويجدد بياض المسجد.
