في عام 1941 ميلادي قامت ألمانيا النازية بغزو الاتحاد السوفيتي، وقامت مجموعة من جيوش ألمانيا النازية بالدخول إلى أستونيا، ظنت أنّ قدوم ألمانيا النازية إلى أراضيها من أجل حمايتها وتحريرها من الاتحاد السوفيتي، إلا أنها أدركت بعد فترة قصيرة بأنّ ألمانيا تسعى إلى احتلالها، فقد كان هدف ألمانيا من غزوها لأستونيا؛ هو السيطرة على خيراتها واستخدامها في الحرب.
الاحتلال الألماني لأستونيا:
بعد قيام ألمانيا النازية بإعلان الحرب على الاتحاد السوفيتي، قامت فنلندا بعد فترة قصيرة بإعلان الحرب على الاتحاد السوفيتي؛ ممّا أدى ذلك إلى بداية حرب الاستمرار، قام مجموعة من الجنود الأستونيين بالانشقاق عن الجيش السوفيتي وقاموا بإطلاق النار على ألمانيا، وخسرت أستونيا خلال بداية الحرب الكثير من جنودها، وقام الثوار الأستونيين بمحاولة حماية حدودها، وقام الكثير منهم بالفرار إلى الغابات.
بدأت ألمانيا النازية بإطلاق النار على أستونيا، وقد قامت بالتحالف مع الاتحاد السوفيتي ضد ألمانيا النازية، بعد ذلك الاتحاد قام الاتحاد السوفيتي بتركها لتواجه الهجوم الألماني وحدها، كما قام الاتحاد السوفيتي أيضاً بقتل الأسرى في سجونه، وتم خلال تلك المعركة تدمير مساحات كثيرة من أراضي أستونيا.
كما غدر الذي قام به الاتحاد السوفيتي ضد أستونيا، قامت بالتحالف مع ألمانيا ضد الاتحاد السوفيتي، وتمكنت القوات العسكرية الألمانية والأستونية من إخراج السوفييتيين من أستونيا ورفع علمها وعلم ألمانيا، وتم الترحيب بالجيش الألماني بشكل حار من قِبل الشعب الأستوني.
خلال فترة إقامة ألمانيا في أستونيا، تأثر شعبها بالعادات الألمانية، وكسب الكثير من الشعب الأستوني الجنسية الألمانية وتم ترحيل البقية إلى خارج أستونيا، إلا أن ألمانيا لم تتمكن خلال فترة حكمها من تجنيد الكثير من الجنود الأستونيين في قواتها العسكرية.
قامت مجموعات ثورية في الاجتماع للحصول على الاستقلال وتكوين دولة مستقلة ذات حكم ذاتي، قامت ألمانيا في عام 1944 ميلادي بالانسحاب من أستونيا، فقامت بإزالة العلم الألماني ووضعت العلم الأستوني، إلا أنّها تعرضت بعد ذلك لغزو الجيش الأحمر السوفيتي، بعد غزو الاتحاد السوفيتي قامت الحكومة السرية الإستونية بالهرب، وبقيت أستونيا تقوم بالثورات حتى تمكنت من الحصول على الاستقلال في عام 1989 ميلادي.