يصاب نبات ومحصول الطماطم بالعديد من الآفات الزراعية التي تؤثر على المحصول وتؤثر على الإنتاج بشكل كبير، ويجب إزالة هذه الآفات عن طريق مكافحتها عن طريق المبيدات الحشرية.

عفن الجذور البني والجذر الغفليني:

نباتات غير نامية ذبول تحدث في النبات في الطقس الحار وعفن بني طري، عن طريق تهتك النسيج الخارجي اللجذر تضخم الجذور تعفن قاعدة الساق وذبول الأوراق، تتم المكافحة عن طريق تعقيم التربة مثل الطريقة المعتاد عليها، تتم عملية ري قاعدة الساق بمادة النابام (nabam) بعد الزراعة مما يساعد على تخفيف الإصابة.

التعفن الرمادي:

شحوب بني اللون يكون على الساق يمكن مشاهدته بظهور حلقات خضراء على الثمار، مع بقع بنية باهتة في مكان تعفن رمادي طري تتم عملية المكافحة عن طريق تجنب زيادة ارتفاع الرطوبة وذلك من خلال التهوية ورفع درجة الحرارة، رش بالبينومیل بعد إزالة الأوراق المصابة والرش بمادة الرونیلان أو الروفرال.

فيروس الاسبرميه:

يبدو ظهوره على النبات بشكل كثيف وعلى بعض الأوراق، يحدث تشوه وترقش، الثمار قد تكون صغيرة وغالباً الثمار تكون بالبذور، وتتم طرق المكافحة بالقضاء على المنّ الذي ينقل الفيروس من نباتات البندورة أو الكريزانيثيوم المجاورة والتي تعتبر أيضاً ملجأ له.

التقرح البكتیري:

بقع بنية غامقة ذات حجم صغير توجد على الأوراق التي تلتسق فيما بعد فتؤدي إلى قتل الأوراق، مساحات صغيرة بيضاء مصفرة على الساق، القشرة تنسلخ بسهولة عن الخشب وبقع بيضاء مركزها أسود على المحصول، تتم عملية المكافحة بتنظيف التربة، تخفيف درجة الحرارة بواسطة التهوية، توقف الري على النباتات، إبعاد النباتات المصابة خارج البيت البلاستيكي، رش التبانات بواسطة نحاس مخفف أو مبيد فطري ليتم القضاء على المرض ويتم الرش كل أسبوع.

اللفحة المناجرة:

مساحات بنية على الأوراق مع خطوط غامقة على الساق، البقع مرشحة بالبني المحمر على الثمار الخضراء التي سوف تظهر العفن وتموت بالمكافحة، الرش يكون بشكل متتابع وبشكل منتظم أولاً بأول بمبيدات اللفحة مثل: المانيت والمانجوزيب وتتم عملية خفض الرطوبة الجوية بواسطة التهوية.

عفن الأوراق:

تظهر البقع الصفراء على السطح المرتفع من الورقة، تتم عملية المكافحة بخفض الرطوبة الجوية العالية، عمل عملية الخف الأوراق السفلي للسماح بالتفريغ الهوائي الجيد للنبات، زراعة أصناف تقتوم المرض، والرش بمادة الزينيب.

نقص العناصر نقص المغنيسيوم:

تظهر الأعراض عن طرق اصفرار وتلون الأوراق السفلية باللون البني، ثم كمشها وتموت ويتقدم بشكل تدريجي، حيث يتم جمع النبات كامل، تتم المكافحة عن طريق الري بملح المغنيزيوم وتعديل البوتاسيوم المضاف بشكل مناسب.