يعد مختبر الأحياء الدقيقة السريري من الأقسام الرئيسية داخل المختبر، حيث يتكون من وحدة متكاملة من الأقسام التي تقوم على تشخيص الأمراض والتهابات ناتجة عن الكائنات الحية الدقيقة، كما إن هذه الأقسام تقوم على دراسة علم الجراثيم ومعرفة عمليات الأيضية الخاصة بها والمكونات الأساسية لهذه الكائنات الحية الدقيقة، بالإضافة إلى معرفة مسبب المرض الأساسي سواء كان بكتيريا هوائية أو اللاهوائية أو فطريات أو فيروسات أو طفيليات.
أقسام وحدة الميكروبيولوجي:
تتكون وحدة الأحياء الدقيقة السريرية من العديد من الأقسام، حيث إن كل قسم يقوم على دراسة وتشخيص نوع معين من الكائنات الحية الدقيقة المسببة للمرض، كما توفر هذه الأقسام معلومات أساسية عن المضادات الحيوية التي يمكن استخدامه كعلاج مناسب لمسببات الأمراض الناتجة عن الكائنات الحية الدقيقة الممرضة، ومن أهم الأقسام التي تتكون منها وحدة الميكروبيولوجي داخل المختبر قسم الاستقبال، قسم الجراثيم الهوائية، قسم الجراثيم اللاهوائية، قسم الفطريات، قسم الفيروسات والأمراض المنقولة جنسياً، قسم زراعة الدم، وقسم الطفيليات.
1- قسم الاستقبال:
يقوم هذا القسم على استقبال المرضى أو العينات المرضية التي مصدر العدوى فيها من الكائنات الحية الدقيقة، ومن هذه العينات التي يتم استقبالها في هذا القسم عينات الدم لفحص أسباب تسمم الدم، عينات من مسحات الأذن لمعرفة سبب التهابات الأذن، ومسحات الأنف والحلق، عينات من الأظافر لمعرفة نوع الفطريات المسببة في التهاب الأظافر، عينات من البراز والبول، ويتم تقسيم وتوزيع هذه العينات إلى الأقسام المعنية بتشخيص الأسباب المسببة للمرض وأي من الكائنات الحية الدقيقة التي تسبب في ذلك.
2- قسم الجراثيم الهوائية:
إن واحدة من أقسام البكتيريا هي البكتيريا الهوائية حيث إن هذا النوع من البكتيريا تحتاج إلى الهواء والأكسجين من أجل إن تنمو وتتضاعف لتكون مستعمرات بكتيرية حيث تتميز هذه البكتيريا أنها تنتج طاقة أثناء التنفس ومن الأمثلة على البكتيريا الهوائية النيسيرية البنية (Neisseria gonorrhoeae) و (Chlamydia trachomatis) توجد في عينات المهبلية وتسبب هذه الأنواع من البكتيريا التهابات في المهبل.
حيث يقوم هذا القسم على عزل الكائنات الحية الدقيقة وعمل زراعة لها ضمن الظروف المعتادة وعمل اختبارات الحساسية للمضادات الحيوية للكائنات الحية الدقيقة، على سبيل المثال يجري عينات مسحة الأنف اختبار تفاعل البواليميراز المتسلسل (pcr) لمعرفة نوع البكتريا المسببة للمرض حيث يقوم هذا الاختبار على التعرف على الحمض النووي للبكتيريا، ومن الأمثلة على البكتيريا التي يمكن إن تسبب التهاب في الأذن (Staphylococcus aureus)، إما عينات الدم يتم وضعها في أجهزة تستخدم نظام (BactiAlert) حيث يوفر هذا النظام بيئة المناسبة لتكاثر البكتيريا خلال 7 أيام.
3- قسم الفطريات:
تعرف الفطريات في اسم الخمائر أيضاً، حيث إنها تسبب العديد من التهابات في مناطق مختلفة بالجسم مثل التهاب في المسالك البولية والتهابات جلدية وفي الأظافر والأذن، يقوم هذا القسم على استقبال جميع العينات التي تسببها التهابات فطرية وعمل الزراعة لها ضمن ظروف تؤدي إلى تكاثر الفطريات ونموها وعزل هذه الأنواع من الفطريات لمعرفة العمليات الأيضية لها، وبعد ذلك يتم إجراء اختبار الحساسية للمضادات الحيوية التي تستخدم في علاج الفطريات المسببة للمرض، ومن الأمثلة على أنواع الفطريات التي يتم تشخيصها داخل القسم (Blastomyces dermatiditis) الذي يسبب التهاب فطرية في الجلد.
4- قسم الطفيليات:
تعد الطفيليات من الكائنات الحية الدقيقة التي لا ترى بالعين المجردة، تتعدد أنواع الطفيليات وأنواع الأمراض المسببة لها حيث تسبب التهابات في الأمعاء والمعدة، حيث إنه في أغلب الأحيان يتم إيصال عينات من البراز إلى هذا القسم للكشف عن سبب التهاب الأمعاء سواء كانت الأميبات الممرضة (pathogenic amoebae) أو السواطير (flagellates) أو الديدان المستديرة (roundworms) أو الديدان الشريطية (tapeworms).
جميع هذه الأنواع تعتبر من الطفيليات التي يتم تشخيصها والكشف عنها داخل هذا القسم عن طريق استخدام صبغات وكواشف معينة تحت المجهر، ومن الجدير بالذكر من العينات التي يتم استقبالها أيضاً في هذا القسم عينات الدم للكشف عن مرض الملاريا التي تسببها نوع من الطفيليات يسمى (malarial parasites) حيث يقوم هذا القسم على تعرف على هذا النوع من الطفيليات باستخدام المجهر الإلكتروني.
5- قسم الفيروسات:
يقم هذا القسم خدمة للمساعدة في التشخيص التهابات الفيروسية، حيث يستخدم العديد من الفحوصات المناعية التي تقوم على البحث على العوامل الفيروسية غير قابلة للزراعة مثل فيروس روتا (rota virus) كما يقوم على تشخيص التهابات الفيروسية المنقولة جنسياً، ومن الجدير بالذكر تختلف أنواع العينات في هذا القسم باختلاف موقع التهاب الفيروسي.
